Doboj se nalazi na 146 metara nadmorske visine, na lijevoj obali rijeke Bosne, između ušća rijeka Usore i Spreče.
Arheološki nalazi nam govore da na toj lokaciji postoje tragovi ljudskog života još iz vremena starog kamenog doba (paleolit), pa preko mlađeg kamenog doba (neolit), bakarnog, bronzanog i željeznog, do današnjih dana.
Zahvaljujući pogodnom geografskom položaju Doboj je oduvijek bio značajna raskrsnica na važnom putu od Panonije i srednje Europe prema Jadranskom moru i Mediteranu, kao i na pravcima prema zapadu i istoku.
Doboj je bio zahvalna meta za sve osvajačke pohode, pa su još stari Rimljani zauzeli to područje u posljednjem stoljeću prije nove ere, da bi, cijeneći strateški značaj ove raskrsnice, u drugom stoljeću naše ere, napravili i put popločan kamenom. Prije toga su u prvom stoljeću sagradili kod ušća rijeke Usore u Bosnu čuveni Castrum, rimsku utvrđenu nastambu koja je imala izuzetan vojno strateški značaj. Ostaci Castruma su i danas vidljivi ali su nedovoljno istraženi, a zahvaljujući ljudskom nemaru postoji šansa da se zatre taj značajan arheološki nalaz kao trag dobojske povijesti.
Oko Castruma su se formirale i prve nastambe, da bi se odlaskom Rimljana, puno kasnije, u 13. stoljeću, naselje formiralo na lokaciji oko današnje Gradine, kako dobojlije nazivaju utvrđenje na kamenom uzvišenju preko puta ušća Spreče u Bosnu. To značajno fortifikacijsko utvrđenje dominiralo je čitavim područjem dugi niz godina.
Najstariji, do sada nađeni, pisani trag o Doboju je iz 1415. godine, kada dubrovački trgovci upućuju poruku mađarskom kralju Sigismundu čija je vojska tada bila u ratnom pohodu kroz dolinu Bosne, u kojoj kažu da mu je vojska "in Uxora suptus castrum Doboy" (U Usori pod tvrđavom Doboj).
Za porijeklo riječi, imena, Doboj, nema čvrstih dokaza, osim pretpostavki kao što su da je to nastalo od korijena riječi – boj, u smislu bojevanja, ratovanja, ili, pak, u smislu – boj, kao naboj gline miješane sa pljevom za gradnju debelih odbrambenih zidova. Pravih podataka, znanstveno dokazanih – nema. Isto kao što nema nekih relevantnih pisanih podataka o životu naselja Doboj sve do dolaska Turaka.
U turskom tefteru (spis) za 1468./69. godinu, popisuje se timar (zemljišni posjed) od 3985 akci kneza Jovašina koji je predao Doboj, i timar od 2555 akci Stjepana koji je predao Doboj. Ova dvojica zapovjednika posade stražara-vojnika dobili su dva manja spahiluka uz obavezu služenja vojne službe.
Tako je dobojska tvrđava, Gradina, od te godine pod turskom vlašću. Kako je konfiguracijski tvrđava bila na graničnom prostoru između turske i mađarske vlasti, Turci su znali ocijeniti bezbjednosni značaj te utvrde, pa su pod nadzorom neimara Ibrahima 1490. godine izvršeni značajni građevinski radovi na učvršćenju tvrđave. Oko 1500 ljudi dnevno radilo je je na podizanju odbrambenih zidova i kula, te odgovarajućih prostora za smještaj ljudi, municije i oružja, a što je, dijelom, i danas vidljivo.
Tu su se Turci osjećali sigurnima sve do 1697. godine kada je austrijski vojskovođa Eugen sa 6500 vojnika prodro u Bosnu, da bi mu se posada dobojske utvrde predala bez borbe. Po povratku Eugena Savojskog, Turci su se opet vratili u utvrdu, da bi je u austro-osmanskom ratu 1716-1718. godine i odbranili, mada su austro-ugari zauzeli samo naselje i zapalili ga, a samu tvrđavu u kojoj je bilo oko 1000 vojnika nisu mogli zauzeti.
Početkom 18. stoljeća osnovana je dobojska Kapetanija koja je pripadala tešanjskom Kadiluku.
Dobojska tvrđava je vremenom i razvojem razorne moći raznog oružja gubila na svojoj važnosti, pa su se važniji događaji, uglavnom, dešavali oko nje.
Tako je 1878. godine austrijska 20. divizija u dejstvu na pravcu Šamac-Gračanica-Zvornik, od strane 5-6000 pobunjenika pod vodstvom Mehmeda Vehbi Šemsekadića, odbačena na položaje oko Doboja. Bitka je trajala od 14. augusta do 6. septembra, sve dok austrijancima nije stigla pomoć, pa su pobunjenike potjerali u dva pravca, preko Spreče i na Tešanj, u koji su ušli bez borbe. I pored pobjede Austrijanci su imali teške gubitke, 35 oficira i 992 vojnika.
U Prvom svjetskom ratu Austrijanci su u Doboju formirali logor gdje su držali zarobljenike prije odlaska u zloglasne logore Arad i Sopranjsk. Kroz logor je prošlo, prema nekim podacima, oko 45 000 ljudi, a interesantan podatak je da je u logoru jedno vrijeme boravio i Ivo Andrić.
Za Doboj u Drugom svjetskom ratu značajan datum je 23. august kada je dobrim dijelo došao pod vlast partizana i kada je izvršena značajna diverzija kojom prilikom je dignuto u zrak 150 vagona sa njemačkom municijom za istočni front. Doboj je oslobođen 17. aprila 1945. godine.
Poslije Drugog svjetskog rata Doboj je zahvaljujući svom povoljnom geografskom položaju postao značajna raskrsnica drumskog i željezničkog saobraćaja i prometa, što je rezultiralo naglim širenjem grada koji postaje regionalni društveno politički i kulturni centar, sjedište sreza i regije.